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提交者:2020年6月4日核准数 :2020年7月2日发布日期:2020年7月3日

如何引用此文章库马里VKanwarSS硅艾滋病毒预感抑制器对2019-nCoV Corona病毒3CL效果比较分析高手.安普龙生物信息2020年4:012-014

DOI:10.29328/journal.apb.1001011

版权许可:2020 KumariV等必威体育西汉姆联允许媒体不受限制使用、分发和复制, 前提是原创作品正确引用

关键字 :2019-nCOV质保抑制器肺炎3CL高手脱机交互分析词形

全图文集PDF

硅艾滋病毒预感抑制器对2019-nCoV Corona病毒3CL效果比较分析高手

Vandna Kumari和Shamsher Singh Kanwar*

Himachal Pradesh大学生物技术系Shimla-171005印度

通讯通讯地址ShamsherSKanwar生物技术系Himachal Pradesh大学SummerHill,Shimla-171005,IndiaTel/Fax:+91-177-2831948电子邮件:kanwarss2000@yahoo.com

抽象性
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新奇corona病毒2019-nCoV已成为人类的屏障并遍历世界并感染多人因此,迫切需要治愈该病毒引起的严重肺炎研究中硅子宫病毒3CL对艾滋病毒预感抑制器进行了比较分析高手蛋白质显示主要的交互作用 和常见氨基酸残留氨基酸交互分析显示两种氨基酸ARG4LYS5绑定能量分析还显示Cobicistic高手.

导 言
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突发新冠状病毒造成重大生命损失,许多生命仍然处于危险之中。2019-nCoV是一个封装、正感单串RNA贝塔-corona病毒[1]Corona病毒可感染人类的呼吸系统、胃肠系统、肝和中枢神经系统[2]、牲畜、鸟类、蝙蝠[3]、鼠标和许多其他野生动物[4]类似于SARS和MERS的非结构性蛋白由2019-nCoV基因组编码高手Papanise类protein聚合物RNA依赖性RNA聚合物和helicase结构蛋白加注glycotein[1]3CL高手蛋白质被视为2019-nCoV的主要目标之一,紧急需要解药使其更加突出研究中3CL高手被视作目标并比较分析艾滋病毒预感抑制器,以显示交互作用和重要氨基酸,从而使识别药目标更容易化

方法论
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素材准备

三维晶体结构2019-nCoVcorona病毒蛋白3CL高手Pdbid:6lu7)取自RCSBPDB(https://www.rcsb.org/已经存在的离散群和水分子被清除,以使这一结构适合与其他离散分子进一步互动

悬浮编程

艾滋病毒预感抑制器已扫描选定corona病毒蛋白结构从文献评审中选取3个Ligands Lopinavir[5]、Cobicstat[6]、Amprenavir、Atazanavir、Indinavir和Sapinavir[7]igands化学结构取自PubChemSDF格式并转换成PDB格式供进一步交互分析

艾滋病毒预感抑制器3CL高手交互性

所选离散虫对接corona病毒蛋白3CL高手使用Autodock工具1.5.6[8]自动对接工具预测小分子或基质如何绑定特定目标蛋白蛋白质和链式PDB格式文件转换成PDBQT格式并使用Lamarckian遗传算法对接并获取蛋白ligand交互作用后,识别日志病毒蛋白3CL交互氨基酸残留高手化工分组和各自的ligands

结果和讨论
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3CL对接分析高手和目标ligands披露交互类型 三大ligands3CL对接研究高手与Lopinavir、Cobicstat、Ampronavir、Atazanavir、Indinavir和Saquinavir等组织一起努力深入了解MATE与指定ligands交互的氨酸残留物(图1)。


下载图像

图13CL对接交互高手a)Atazanavirctd

交互分析显示,两种氨基酸残留物ARG4和LYS5与选定的ligand交互作用,使这两种氨基酸残留物成为主要的毒品目标点(表1)。

表13CL交互作用中的氨酸残留高手敬ligands
氨酸 距离问题 邦德类型
安普雷那维 GLN127 2.69155 氢联结
LYS137 338047 氢联结
Arg4 4.1211 静电
LYS5 546553 防水性
TYR126 4.82572 防水性
Arg4 54604 防水性
LYS5 5.33228 防水性
阿塔扎那维 Arg4 2.606 氢联结
LYS5 2.17532 氢联结
Arg4 3.7109 氢联结
GLU288 3 68988 氢联结
Arg4 388505 静电
印地那维 Arg4 3 01365 氢联结
LYS5 1.96033 氢联结
MET6 3.46698 氢联结
ALA7 3.41241 氢联结
ALA7 323456 氢联结
Arg4 3.41559 静电
PRO9 391164 防水性
MET6 5.23667 其余
MET6 590228 其余
ALA7 510413 防水性
VAL125 490336 防水性
萨奎南维 Arg4 1.91972 氢联结
LYS5 1.91442 氢联结
Arg4 279 氢联结
科比斯特 LYS5 2.82 氢联结
LYS5 2.83 氢联结
GLN127 1.97 氢联结
LYS137 276 其余
ALA116 3.26 防水性
TYR126 4.84 防水性
CYS128 5.06 防水性
洛比那维 SER10 2.04 氢联结
PHE8 3.51 氢联结
Arg4 3.54 防水性
ALA7 4.64 防水性
Arg4 4.64 防水性
PRO9 4.64 防水性

绑定能量为ligands和3CL高手比较观察分析交互最小绑定能量选择药Cobicistat、Lopinavir、Amprenavir、Atazanavir、Indinavir和Sapinavi高手表2Cobicistat缺乏诱发酶活动,因此需要在治疗病人时对剂量调整进行密切监控的共同管理药

表2绑定电源对接2019-nCoV Corona病毒3CL高手蛋白质
里根 绑定能量
科比斯特 -2.41
安普雷那维 -2.36
洛比那维 -2.33
印地那维 2.01
阿塔扎那维 1.07
萨奎南维 1.6
结论
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新奇corona病毒2019-nCoV给人生命造成重大损失,包括社会和经济损失紧急解毒方法需要时间观察当前研究的结果显示,选用词中绑定最小能量“Cobicistat”,使它成为最适配3CL高手.Cobicistat和Ritonavir是结构类比,但Ritonavir有重大局限性,如水溶性差等,这与其协同编译和药用交互困难相对应。此外,Cobicistat药物和Ritonavir药物处理交换可能在病人中间产生重大问题。为了避免这些限制,本研究只考虑了cobistat氨基酸ARG4和LYS5对接研究确认这两种氨基酸为主要目标氨基酸残留物与新奇corona病毒蛋白3CL高手并揭示常见交互作用,进一步帮助科学家发现新目标点和新cona病毒2019-nCoV的铅化合物

感知感知
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这项工作由新德里科技部资助,向一位作者颁发DST-INSPIRE研究金[IF180179]作者感谢新德里科技部DST和DBT持续资助Shimla市Himachal Pradesh大学生物信息中心

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  2. Ge XY、LiJL、Yang XL、ChmuraAA、ZhuG等隔离和描述像corona病毒使用ACE2受体自然界2013年503:535538PubMed:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24172901/
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  5. 金UJWonEJKESJJJJGUGHHHLopinavir/ritonavir、ribavirin和econ-alpha组合治疗中东呼吸系统综合症安卓瑟尔2016年21:455-459PubMed:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26492219
  6. PangJ、WangMX、AngIYH、TanSHX、Lewis快速诊断技术等2019新科罗那病毒疫苗和治疗技术2019年系统评审JClinMD2016年9:623PubMed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7141113/
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  8. MorrisGM、HueyR、LindstromW、SannerMF、BelewRK等AutoDock4和AutoDockTols4:带选择感应器弹性自动停机J计算化学2009年30:2785-2791PubMed:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19399780/